Гиацинт из бисера сборка


Гиацинт из бисера — мастер-класс с пошаговым фото

Содержание мастер-класса

Бисероплетение — полезное и увлекательное занятие. Оно развивает фантазию, воображение, способствует развитию мелкой моторики. Предлагаю изготовить своими руками нежный гиацинт из бисера. Пошаговый мастер-класс с фото расскажут вам, как создать красивый весенний цветок.

Для плетения гиацинта нам потребуется:

  • Бисер трёх цветов: зелёный, розовый и маленько жёлтого. Размер нужен №10 (чешский) или №12 (китайский).
  • Проволока диаметром 0,3 мм, 0,6 мм, а также более толстая (для формирования стебля).
  • Флор лента или нитки — для обмотки.
  • Алебастр.
  • Цветочный горшок.

Плетение гиацинта из бисера начнём с лепестков, которые в процессе плетения соберём в соцветия.

Плетем лепестки гиацинта

На отрезок проволоки длиною 28 см нанизываем 30 бисерин. Отделив 15 бисеринок, пропускаем через эти пятнадцать бисерин другой конец проволоки в обратном направлении. Хорошо затягиваем.

Далее, с любой стороны нанизываем от 12 до 14 бисерин (количество зависит от того, какого размера вы используете бисер при плетении).

Опускаем проволоку с бисером так, чтобы она легла посередине получившегося кольца. Бисеринки должны заполнить серединку этого кольца. После, чтобы закрепить проволочку, делаем небольшой прокрут, примерно 2–3 оборота.

Для одного соцветия надо сплести 6 лепестков.

Серединка

На отрезок длиною 22 см набираем одну жёлтенькую бисерину. Сложив отрезок пополам, чтобы бисеринка была сверху, скручиваем концы между собой на 1 см. Серединка состоит из трёх бисеринок. Поэтому на обоих концах проволоки делаем аналогично ещё по одной.

Сборка соцветий

Берём 6 готовых лепестков, соединяем их вместе. Для этого на правый кончик проволоки одного лепестка нанизываем 9 бисерин. Пропускаем через эти бисеринки левый кончик проволочки второго лепесточка.

Теперь на правый конец проволоки второго лепестка нанизываем 9 бисерин, и уже левую проволочку третьего лепесточка продеваем через эти 9 бисеринок.

Потом на левую проволочку третьего лепестка нанизываем 9 бисерин и через них пропускаем уже четвертый лепесток. Таким способом соединяем все 6.

В конце проволочку первого лепестка продеваем через бисеринки на проволоке шестого лепесточка.

После проталкиваем бисеринки вплотную к лепесткам и проволочки под ними скручиваем, делая несколько оборотов. Теперь берём серединку, вставляем её в серединку почти готового соцветия, и скручиваем дальше.

Придаём форму образуя ровный круг из лепестков, и слегка их отгибаем.

Таких нужно сплести 20 штук.

Сборка гиацинта из бисера

Собрать бисерный гиацинт не так сложно. Придерживайтесь поэтапно описанной схемы и у вас все получится.

Берём одно соцветие – оно будет центральным, и теперь к нему по кругу надо прикрепить 5 соцветий, предварительно нужно согнуть у их основания.

Получившийся ствол обматываем флористической лентой или нитками на клею ПВА.

Далее, примерно на см 1,5-2 ниже, приматываем по кругу ещё 5 соцветий. Размещать их нужно так, чтобы они располагались между соцветий предыдущего ряда. Ствол также обматываем флор лентой.

Таким способом приматываем остальные. В итоге получится 4 ряда, в каждом ряду по 5 соцветий.

Если вы хотите чтобы ножка гиацинта была повыше, то когда будете приделывать 4 ряд, подставьте какой-нибудь стержень и продолжайте приматывать.

Листья гиацинта из бисера

Для плетения листьев нужно взять проволоку диаметром 0,6 мм, отрезать от неё примерно см 20. К этому отрезку примотать 80 см той, которой вы плели до этого. Ось должна быть длиною 12–13 см.

Набираем на ось зелёный бисер, низка бисера должна быть 9 см. Рабочей проволокой делаем 6 дуг (3 оборота). По желанию можно листик прошить. Таких листиков плетём штук 5.

Теперь обматываем ножку гиацинта флор лентой и приматываем к ней листики.

Готовый цветок садим в горшочек, заливаем раствором, расправляем помятости, образовавшиеся при сборке. Готовое изделие можно посмотреть в этом фотоальбоме.

Этот мастер-класс адресован как начинающим, так и мастерам бисероплетения. Он поможет разобраться, как быстро и правильно сделать гиацинт из бисера, а в дальнейшем вы сможете создавать настоящие цветочные шедевры.

Учебное пособие по сборке бактериального генома | Ядро вычислительной биологии

Это руководство будет служить примером того, как использовать бесплатные инструменты сборки генома с открытым исходным кодом и вспомогательные инструменты для создания высококачественных сборок данных бактериальных последовательностей. Образец бактерий, используемый в этом руководстве, будет называться просто «Виды», поскольку это данные в реальном времени. Эти данные являются парными, что означает, что существуют прямые и обратные чтения, которые мы обозначим как Sample_R1.fastq и Sample_R2.fastq соответственно.

Ссылки для загрузки программного обеспечения:

Sickle
ABySS
SOAPdenovo
SPAdes
QUAST
SSPACE
AlignGraph

Каталог руководств по сборке

 / UCHC / PublicShare / Учебники / Assembly_Tutorial 

Серп: контроль качества необработанных чтений

Первый шаг - выполнить контроль качества считываний с помощью серпа. Для запуска программы воспользуемся командой серп .Поскольку наши чтения являются чтениями с парным концом, мы указываем это с помощью опции pe . Флаг -f обозначает входной файл, содержащий прямое чтение, -r входной файл, содержащий обратное чтение, -o выходной файл, содержащий обрезанные прямые чтения, -p выходной файл, содержащий обрезанные обратное чтение, а -s выходной файл, содержащий обрезанные синглы. Флаг -q обозначает минимальное качество, -l минимальную длину чтения, а -t обозначает тип чтения.

 модуль нагрузки серп / 1,33 серп pe -f /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R1.fastq -r /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R2.fastq -t sanger -o Sample_1.fastq -p Sample_2.fastq -s Sample_s.fastq -q 30 -л 45 

Обрезанные файлы контроля качества находятся в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control , а сценарий для выполнения контроля качества находится в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_QC.ш .

ABySS: ассемблер последовательности de novo

ABySS - первая программа сборки, которую мы будем использовать для сборки наших усеченных считываний. Поскольку наши чтения являются чтениями с парным концом, для запуска ассемблера мы будем использовать команду abyss-pe . Мы будем использовать параметры k для размера kmer, name для префикса выходного файла, в для путей к прямому / обратному обрезанному чтению и se для пути к одиночному файлу, np для количества процессоров, которое в этом случае должно быть таким же, как количество процессоров, объявленных в заголовке вашего сценария оболочки.

 модуль загрузки бездны / 2.1.4 abyss-pe np = 8 k = 31 name = Sample_Kmer31 in = '/ UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_1.fastq /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Cample_2.fastq' se = '/ UCHC PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq ' # повторить для k = 35, k = 41 и т. д. 

Кмеры, использованные в этом примере, можно рассматривать как отправную точку, чтобы понять, какой кмер лучше всего подойдет для сбора данных. Выходные файлы сборки находятся в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / ABySS , а сценарий для выполнения сборки находится в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / Sample_assembly.ш . Обратите внимание, что этот сценарий также включает команды сборки для SOAP и SPAdes.

SOAPdenovo: ассемблер последовательности de novo

SOAPdenovo - еще один ассемблер последовательностей de novo. В отличие от других ассемблеров, SOAP использует файл конфигурации для передачи информации о последовательностях в программу. Файл конфигурации показан ниже. Примечательные поля включают средний размер вставки и длину чтения, которые различаются в зависимости от технологии секвенирования, а также q1, q2 и q; пути к прямому, обратному и одиночному обрезанному чтению.

 # максимальная длина чтения max_rd_len = 250 [LIB] # средний размер вставки avg_ins = 550 # если необходимо изменить последовательность reverse_seq = 0 # в какой части (ах) используются чтения asm_flags = 3 # использовать только первые 250 бит / с каждого чтения rd_len_cutoff = 250 # в каком порядке чтения используются при построении лесов ранг = 1 # обрезка номера пары для надежного соединения (минимум 3 для коротких вставок) pair_num_cutoff = 3 # минимальная выровненная длина до контигов для надежного места чтения (минимум 32 для коротких вставок) map_len = 32 # путь к генам q1 = / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_1.fastq q2 = / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_2.fastq q = / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq 

Для запуска ассемблера мы будем использовать команду SOAPdenovo-63mer с опцией all (для выполнения построения графа Кмера, исправления ошибок контигов, сопоставления чтений с контигами и формирования каркасов), -s для пути к файл конфигурации, -K для размера kmer, -o для выходного префикса, 1 для журнала сборки и 2 для ошибок сборки.

 модуль загрузки SOAP-denovo / 2.04 SOAPdenovo-63mer all -s /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/Sample.config -K 31 -R -o graph_Sample_31 1> ass31.log 2> ass31.err # повторить для k = 35, k = 41 и т. д. 

Файлы вывода сборки находятся в папке / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SOAP.

SPAdes: Ассемблер де Брейна на основе графов

Последний ассемблер, который мы запустим, - SPAdes. SPAdes отличается от других ассемблеров тем, что генерирует окончательную сборку из нескольких kmers.Список kmers автоматически выбирается SPAdes с использованием максимальной длины чтения входных данных, и каждый отдельный kmer участвует в окончательной сборке. Для запуска SPAdes мы будем использовать команду spades.py с опцией --careful , чтобы минимизировать количество несоответствий в контигах, -o для выходной папки, -1 для пути к прямому читает, -2 для пути к обратному чтению и -s для пути к одиночному чтению.При желании список кмеров можно указать с помощью флага -k , который отменяет автоматический выбор кмеров.

Загрузка модуля
 SPAdes / 3.13.0 spades.py --careful -o SPAdes_out -1 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Sample_1.fastq -2 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Quality_Control/Sample_2.fastq -s / UCHC / PublicShare Assembly_Tutorial / Quality_Control / Sample_s.fastq 

Файлы вывода сборки находятся в папке / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SPAdes.

QUAST: статистика сборки

Теперь, когда у нас есть несколько сборок, пора проанализировать качество каждой сборки. И ABySS, и SOAPdenovo имеют собственный вывод статистики, но для единообразия мы будем использовать программу QUAST. Наиболее интересная статистика - это количество контигов, общая длина и N50. Хорошая сборка должна иметь небольшое количество контигов, общую длину, приемлемую для данного вида, и высокое значение N50. Чтобы запустить quast для всех наших финальных файлов сборки, мы запустим следующие команды, с единственными используемыми параметрами, являющимися именем файла (ов) сборки и выходным каталогом.

 модуль загрузки quast / 5.0.2 # Статистика ABySS quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/ABySS/Sample_Kmer*-scaffolds.fa -o ABySS 
 # Статистика SOAPdenovo quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SOAP/graph_Sample_*.scafSeq -o SOAP 
 # Статистика SPAdes quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SPAdes/scaffolds.fasta -o SPAdes 

Abyss результатов:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Эшафоты Sample_Kmer31 363 86593 2779506 32.76 14714
Эшафоты Sample_Kmer35 342 86909 2787431 32,75 16801
Подмости Sample_Kmer41 330 84960 2794086 32,76 17579

Результаты SOAP:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
graph_Sample_31.scafSeq 276 103125 3574101 32,44 26176
graph_Sample_35.scafSeq 246 86844 3543834 32,46 27766
graph_Sample_41.scafSeq 214 99593 3438095 32,46 36169

SPA Результаты поиска:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
леса 59 255551 2880184 32.65 147660

Судя по данным, SPAdes работают лучше всех. SPAdes сгенерировал только 59 контигов по сравнению с ~ 200 из SOAP и ~ 300 из ABySS. Кроме того, наибольший размер контига и значения N50 были самыми высокими. Наконец, общее количество пар оснований было наиболее близким к количеству пар оснований в другом штамме этой бактерии, который уже был секвенирован. Мы перейдем к вторичным лесам с этой сборкой, расположенной в / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Assembly / SPAdes / scaffolds.Фаста .

Выходные данные

QUAST состоят из папки, содержащей результаты в нескольких форматах в каждом из трех каталогов сборки. Сценарий для запуска QUAST находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/QUAST/Sample_quast.sh .

SSPACE Стандарт

SSPACE - это скрипт, способный расширять и строить предварительно собранные контиги. SSPACE требует файл библиотеки, содержащий пути к парным конечным операциям чтения, средний размер вставки и тип данных.Этот файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Species_library.txt .

Мы запустим SSPACE с помощью команды perl с параметрами -l для библиотеки видов, -s для файла fasta, содержащего собранные скаффолды, -b для выходного префикса и -T для номера ниток.

 модуль нагрузки SSPACE / 3.0 SSPACE_Standard_v3.0.pl -l / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Species_library.txt -s /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Assembly/SPAdes/scaffolds.fasta -b SSPACE -T 16 

Выходной файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/SSPACE/Sample_SSPACE.final.scaffolds.fasta . Сценарий для запуска SSPACE находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_sspace.sh .

Затем мы запустим QUAST для этого файла, чтобы сравнить его с предыдущими сборками. На этот раз мы запустим QUAST в командной строке без сценария отправки, так как это только одна строка.

 cd / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / QUAST загрузка модуля quast / 5.0.2 quast.py /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/SSPACE/SSPACE.final.scaffolds.fasta -o SSPACE 

Результаты квеста:

Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Sample_SSPACE.final.scaffolds 57 255551 2880249 32,65 147660

AlignGraph о близком родстве (разные штаммы видов)

AlignGraph - последний этап в конвейере сборки. Из документации следует, что «AlignGraph - это программное обеспечение, которое расширяет и объединяет контиги или каркасы путем их повторной сборки с помощью эталонного генома близкородственного организма». Используя эталонный геном близкородственного организма, можно улучшить сборку[email protected] /> / p; 2 ~ 4p '/UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Sample_R2.fastq> Sample_R2.fasta

Затем мы запустим AlignGraph, используя команду AlignGraph и параметры --read1 для прямого чтения в формате fasta, --read2 для обратного чтения в формате fasta, --contig для пути к сборку, которую мы перекомпоновываем, и --genome для пути к эталонному геному, который мы используем для перекаффолдинга. Используемый нами геном называется AlignGraph_genome.fasta, опять же для защиты живых данных.

Кроме того, мы должны определить параметры --distanceLow и --distanceHigh . Из документации DistanceLow - это максимальное значение [размер вставки - 1000, размер вставки] и distanceHigh [размер вставки + 1000]. Размер вставки этого набора данных составляет 550, что дает нам distanceLow 550 и distanceHigh 1550. Наконец, мы определяем имена выходных файлов, используя --extendedContigs и --remainingContigs .–RemainingContigs будет содержать окончательную сборку.

 загрузка модуля AlignGraph / v1 AlignGraph --read1 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_R1.fasta --read2 /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_R1.fasta_Tutorial / SSPACC / PublicShare / Assembly / Assembly / /SSPACE.final.scaffolds.fasta --genome /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/AlignGraph_genome.fasta --distanceLow 550 --distanceHigh 1550 --extendedContig Species_extendedContigs.fa --remainingContig Species_remainingContigs.fa 

Выходной файл находится по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/AlignGraph/Sample_remainingContigs.fa . Сценарий для запуска AlignGraph расположен по адресу /UCHC/PublicShare/Tutorials/Assembly_Tutorial/Scaffolding/Sample_aligngraph.sh .

Затем QUAST:

 cd / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / QUAST загрузка модуля quast / 5.0.2 quast.py / UCHC / PublicShare / Tutorials / Assembly_Tutorial / Scaffolding / AlignGraph / Species_remainingContigs.fa -o AlignGraph 
Сборка # contigs Самый большой контиг Общая длина GC (%) N50
Species_remainingContigs 57 255551 2880249 32,65 147660

К сожалению, этот набор данных не был улучшен AlignGraph с этим конкретным геномом, но это руководство по-прежнему иллюстрирует общую идею.

.

Hyacinth (Title) - MangaDex

Сборник историй BL, действие которых происходит в мире шести полов (Omegaverse).

Сяоми, омега, была влюблена в популярного Цзян Си, альфу, еще со средней школы ... Хотя они оба изменились с годами, когда они закончили учебу и начали жить другой жизнью, чувства Сяоми не изменились. Больно ли испытывать безответную любовь 10 лет? Но что произойдет, когда Xiaomi принесет пьяного Цзян Си домой в его кровать после выпускного вечера их университета, зная, что Цзян Си скоро уедет за границу?

Статус: Выпало.Имеет официальный перевод.

Français:
Spoiler

On dit que les humains sont incapables de cacher 3 choses:

COMPROMIS, PAUVRETÉ ET AMOUR. Сяоми (омега) - это любимый народный образ Цзян Си (альфа), заместитель коллежа ... Мама, которую вы чувствуете, изменяет свои чувства, не участвуя в шрифте, усиливающем звуки в зависимости от времени ... Avoir un Подвеска amour non partagé 10 ans est douloureux n'est ce pas?. Mais que se pasra-t-il quand il amènera les Jiang Xi déchirés après la fête de remise desiplômes de leur universitychez lui et dans son lit...? Même après unwir su que Jiang Xi va bientôt partir à l'étranger ...?

.

Страница не найдена · GitHub · GitHub

перейти к содержанию Зарегистрироваться
  • Почему именно GitHub? Особенности →
    • Обзор кода
    • Управление проектами
    • Интеграции
    • Действия
    • Пакеты
    • Безопасность
    • Управление командой
    • Хостинг
    • мобильный
    • Истории клиентов →
    • Безопасность →
  • Команда
  • Предприятие
  • Проводить исследования
    • Изучить GitHub →
    Учитесь и вносите свой вклад
    • Темы
.

PacificBiosciences / pb-assembly: PacBio Assembly Tool Suite: считывается ⇨ Сборка выходит

перейти к содержанию Зарегистрироваться
  • Почему именно GitHub? Особенности →
    • Обзор кода
    • Управление проектами
    • Интеграции
    • Действия
    • Пакеты
    • Безопасность
    • Управление командой
    • Хостинг
    • мобильный
    • Истории клиентов →
    • Безопасность →
  • Команда
  • Предприятие
  • Проводить исследования
    • Изучить GitHub →
    Учитесь и вносите свой вклад
    • Темы
    • Коллектор
.

Смотрите также